Atualização mensal do estoque

Bom dia,
estou precisando contabilizar meu estoque e não sei como fazer.

Quando lanço no meu programa uma nota de compra de mercadoria para revenda, o progrma contabiliza automaticamente assim:
D-Compra de mercadorias(R)
C-Fornecedor(P) R$ 30120,00
D-ICMS a Recuperar(A)
C-ICMS sobre Compras(R) R$ 5421,60

Quando lanço no meu programa uma nota de venda de mercadoria, o programa contabiliza automaticamente assim:
D-Caixa(A)
C-Venda de Mercadoria(R) R$ 2830,63
D-ICMS(R)
C-ICMS a Recolher(P) R$ 509,51


Se a empresa comprou R$ 687985,15 totalizando 21.500 produtos num custo de R$ 32,00 cada e vendeu R$ 956350,00 totalizando 19.127 produtos a R$ 50,00 cada.


Como vou contabilizar essas operações entrada e saída do estoque, porem se possível sem modificar os lançamentos automáticos do sistema na entrada e saída de mercadorias (porque são muitas entradas e saídas, pra modificar todos os lançamentos seria inviável).

Como a empresa utiliza invetario periodico os CMV será apurado somente no final do ano, quando efetuar a contagem fisica das mercadorias que restaram no estoque. No caso deverá lançar o estoque inicial junto com o resultado e retirar o estoque final debitando estoque.

Complementando...

CMV =Estoque Inicial + Compras de Mercadorias - ICMS sobre compras -Devoluções de Compras + ICMS sobre devoluções - Estoque Final

eu preciso fechar o balanço mensalmente desta empresa e preciso do estoque apurado todo mês, ai preciso saber como efetuo estes lançamentos.

A empresa deve fornecer o estoque no final de cada mes, se não ter um sistema de contabilidade de custo integrado e coordenado com o restante da escrituração.