Olá Lúcia!
Esta questão de migração de dados com erros é uma questão de TI, de sistema, geração de arquivos, enfim, não tem nada a ver com o contador, procure o superte técnico do sistema e reporte o problema para que possam solucioná-lo e a migração ir corretamente transportando os saldos corretos do balanço.
Ao assumir a contabilidade de uma empresa, o contador deve conferir os saldos do ativo e passivo do último balanço fechado ou da última conciliação feita, onde o último contador deve deixar uma relação da composição destes saldos, exemplo:
1. Conta PIS à Recolher
Fato Gerador 04/2012..... 5.000,00
Fato Gerador 05/2012..... 5.000,00
Saldo.......... 10.000,00
2. Fornecedor Fulano de Tal
Nota fiscal nº 512....... 12.000,00
Nota Fiscal nº 513....... 3.000,00
Nota Fiscal nº 541....... 2.500,00
Saldo......... 17.500,00
Se não houver esta relação da composição dos saldos é porque não foi feito a conciliação corretamente, sendo necessário retornar aos meses anteriores e fazer a conciliação das contas até corrigir os saldos.
Pela forma que você está relatando, se já detectou saldos irregulares, com certeza o trabalho não foi feito corretamente anteriormente.
Será preciso conciliar as contas dos períodos anteriores antes de dar sequencia aos trabalhos, isso sem o erro de transporte de saldos que deve ser sanado pelos técnicos de informatica.
A vida não é medida pela quantidade de vezes que respiramos, mas pelos momentos que nos tiram a respiração...
" VIVA INTENSAMENTE CADA MINUTO "