Boa noite Paulo,
Para que melhor se entenda a relação matriz/filial você tem que considerar alguns conceitos.
Matriz e Filiais formam na realidade uma única empresa, ou seja, não há que se falar em "empréstimo" entre ambas, isto seria como você tomar dinheiro emprestado de você mesmo.
Existe (e deve existir) a separação física das filiais em relação a matriz bem como a estratégia de vendas, o gerenciamento e uma série de "diferenças" impostas pelo mercado, condições etc. no entanto, a empresa é uma só e é neste contexto que a contabilidade deve ser elaborada.
Face ao exposto, todas as transações, sejam elas financeiras ou não devem ser controladas através de contas correntes em que a Matriz (via de regra) é a credora. Nestes termos se você substituir na matriz a conta "Empréstimos Filial" por "Conta Corrente - Filial" e na Filial a conta "Empréstimos a Pagar Matriz" por "Conta Corrente Matriz" estará tudo certo.
Ainda que constem no Balanço Patrimonial da Matriz e das Filiais, estas contas não devem constar no Balanço Patrimonial Consolidado posto que graficamente se anulem.
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