Samanta,
Temos que considerar que a obrigação e retenção é sempre do tomador do serviço, devendo ele descontar do pagamento do prestador e recolher em guia específica a favor dos cofres do governo.
Desta forma, cabe o prestador acatar o que reza a legislação e compensar o valor retido do que foi apurado da sua obrigação mensal.
Então sugiro que o valor recebido a mais seja devolvido ao tomador, para que ele cumpra com sua obrigação. No caso, por documentação (email, carta, etc), ele se recusar a receber esse valor, lance o valor no seu passivo e lá deixe por 5 anos. Após esse período, então você poderá lançar o valor para outras receitas.
Sobre a adoção de qualquer outro mecanismo, como por exemplo cancelamento de nf, não sugiro, pois poderá haver o entendimento de que existe a conivência com o erro do tomador.
A única ressalva sobre o caso, somente faça a compensação do que deveria ser retido, somente se de fato o prestador efetuou o recolhimento das guias e te forneceu uma cópia, caso o contrário essa compensação não pode ser feita e o valor devendo estar no ativo até o momento em que haja esse recolhimento.
Abs