Boa noite Elias,
Como você apropriadamente colocou a Entidade não pode "criar leis" em benefício próprio, por inúmeros motivos, principalmente por não ter poderes legais para tanto e mesmo que os tivesse, não poderiam ser colidentes com as já existentes.
Por sua vez, o Contador não deve (e nem pode) "transferir responsabilidades", ou seja, não é porque existe previsão no Estatuto da Entidade e ou porque o Conselho Fiscal aprovou, que o Contador deva fazer exatamente o que ali consta ou o que "decidiram".
A responsabilidade pela elaboração da contabilidade dentro dos Princípios Fundamentais e NBTCs nos termos da legislação vigente (Resolução CFC nº 877/00) cabe ao contador e não ao Conselho Fiscal. Não deve o Contador "fazer tudo errado" porque está no Estatuto ou por que "o Conselho Fiscal mandou", posto que não seja do Conselho a responsabilidade pela contabilidade.
E como agir em casos assim?
Você deve estar presente a cada reunião dos Conselhos Deliberativos ou Fiscal para orientá-los de forma adequada. Sempre que nestas reuniões devam ser decididas novas atitudes, os Conselhos terão por obrigação solicitar sua presença para que dê seu parecer e evite que atitudes que desconsideram a legislação pertinente coloquem em risco a finalidade precípua da Igreja.
Tenha certeza de que para cada "caso" existe uma solução ideal. Para o exemplo vamos falar do segundo item apontado por você:
2-Despesas com manutenção do veiculo do dirigente que coloca o seu carro a disposição da igreja;
Sendo a Entidade soberana, não pode determinar (conforme fez constar no Estatuto) que devam ser ressarcidas as despesas com a manutenção do veículo do dirigente que coloca seu carro a disposição da igreja?
Claro que pode! Mas isto deverá ser feito de tal forma que não aumente o risco fiscal da Entidade simplesmente porque houve por bem "reconhecer" os préstimos do dirigente. Elabore-se então um Contrato de Comodato que permita o uso gratuito do referido veículo para atender aos interesses da Igreja.
E que nele constem clausulas condicionais determinando o pagamento das despesas de manutenção do referido veículo mediante a apresentação de documentos hábeis emitidos contra a instituição (Notas Fiscais, Recibos etc.) para provar a transparência da operação e atender as exigências fiscais e contábeis.
Por outro lado, pagar o INSS e Planos de Saúde para o dirigente significa (sem dúvida alguma), reconhecer que este está sendo remunerado pelo desempenho de suas funções, mesmo que de forma indireta. Neste caso não há Estatuto ou Conselhos capazes de provarem o contrário.
Por oportuno e para ratificar o que acima coloquei, transcrevo parte da Lei 9532/97 chamando sua especial atenção para o Artigo 13º que trata dos motivos que causam a suspensão do gozo da imunidade além de outras sanções previstas em lei:
Artigo 12 - Para efeito do disposto no art. 150, inciso VI, alínea "c", da Constituição, considera-se imune a instituição de educação ou de assistência social que preste os serviços para os quais houver sido instituída e os coloque à disposição da população em geral, em caráter complementar às atividades do Estado, sem fins lucrativos.
§ 1º Não estão abrangidos pela imunidade os rendimentos e ganhos de capital auferidos em aplicações financeiras de renda fixa ou de renda variável.
§ 2º Para o gozo da imunidade, as instituições a que se refere este artigo, estão obrigadas a atender aos seguintes requisitos:
a) não remunerar, por qualquer forma, seus dirigentes pelos serviços prestados; (eu grifei)
b) aplicar integralmente seus recursos na manutenção e desenvolvimento dos seus objetivos sociais;
c) manter escrituração completa de suas receitas e despesas em livros revestidos das formalidades que assegurem a respectiva exatidão;
d) conservar em boa ordem, pelo prazo de cinco anos, contado da data da emissão, os documentos que comprovem a origem de suas receitas e a efetivação de suas despesas, bem assim a realização de quaisquer outros atos ou operações que venham a modificar sua situação patrimonial; (eu grifei)
e) apresentar, anualmente, Declaração de Rendimentos, em conformidade com o disposto em ato da Secretaria da Receita Federal;
f) recolher os tributos retidos sobre os rendimentos por elas pagos ou creditados e a contribuição para a seguridade social relativa aos empregados, bem assim cumprir as obrigações acessórias daí decorrentes;
g) assegurar a destinação de seu patrimônio a outra instituição que atenda às condições para gozo da imunidade, no caso de incorporação, fusão, cisão ou de encerramento de suas atividades, ou a órgão público.
h) outros requisitos, estabelecidos em lei específica, relacionados com o funcionamento das entidades a que se refere este artigo.
§ 3° Considera-se entidade sem fins lucrativos a que não apresente superávit em suas contas ou, caso o apresente em determinado exercício, destine referido resultado, integralmente, à manutenção e ao desenvolvimento dos seus objetivos sociais. (Redação dada pela Lei nº 9.718, de 1998)
Artigo 13 - Sem prejuízo das demais penalidades previstas na lei, a Secretaria da Receita Federal suspenderá o gozo da imunidade a que se refere o artigo anterior, relativamente aos anos-calendários em que a pessoa jurídica houver praticado ou, por qualquer forma, houver contribuído para a prática de ato que constitua infração a dispositivo da legislação tributária, especialmente no caso de informar ou declarar falsamente, omitir ou simular o recebimento de doações em bens ou em dinheiro, ou de qualquer forma cooperar para que terceiro sonegue tributos ou pratique ilícitos fiscais. (eu grifei)
Confira: http://www.receita.fazenda.gov.br/Legislacao/Leis/Ant2001/lei953297.htm
Nota
Não entenda o "excesso" de informações e detalhamento de forma diferente da do desejo de ajudá-lo sem diminuir o conhecimento que deva ter angariado no exercício da profissão.
...
