Olá Volmir, o que você relata é típico de empresas que NÃO tem uma sistema de controle de estoque preciso e de forma continua, em outras palavras, seria o INVENTÁRIO PERMANENTE (Registra as aquisições no Estoque/AC).
Muitas empresas o inventário das mercadorias em estoque é efetuado na data do levantamento do Balanço Patrimonial anual, já para efeitos gerenciais são levantado balancetes mensais e/ou trimestrais, no entanto, esse método de controle de estoque é chamado de INVENTÁRIO PERIÓDICO (Contagem fisica do estoque). (É o seu caso)
No inventário periódico, as suas compras devem ser alocadas diretamente nos custos (conta de resultados), ao final de toda escrituração é apurado o estoque contábil até que a contagem fisica do estoque ocorra.
Vale informar que esse método é aceito pela legislação.
Observação: O Livro de inventário é obrigatório, a empresa que citou deve ter adotado ou carece adotar o Inventário periódico, pois já que não tem um sistema de controle continuo.
Espero ter ajudado.
Att.
Vanderlei