Estoque de empresa sem sistema ERP

Boa tarde. Atualmente estamos implantando um software de automação comercial para gerenciar estoque, emissão de NFe e PAF, porém nosso cliente não possui contagem e controle de suas notas de compra.

Qual seria o melhor procedimento a se adotar neste caso:

1)O cliente iniciar os lançamentos de notas de compra do mês anterior;

2)O cliente efetuar uma contagem em seu estoque e lançar diretamente em seu sistema sem vínculos com as notas;

3) ou nenhuma das alternativas;

Espero que vocês amigos contabilistas possam me ajudar a encontrar a melhor solução que esteja, é claro, de acordo com as normas do fisco.

Santiago,
Imagino que a empresa tenha um "balanço de abertura" para implantar no ERP.
Neste caso, o melhor a fazer é confirmar o saldo existente de balanço com um inventário físico, e fazer os ajustes necessários, depois disso você implanta o saldo real de estoques.
Para o fisco, deixe toda a contagem e contabilização bem demonstrada com documentos de suporte.