É complicado pois fica o entendimento (conforme suas palavras) que tal funcionário terá um acumulo de funções... se for isto mesmo, não é aconselhável.
Imagina o seguinte agora ele concorda e qualquer cbo que você anotar na CTPS vai ser aceito. Mas, as vezes surgem atritos durante o vínculo empregatício e em tal situação este funcionário vai ter bons argumentos para entrar com uma ação trabalhista alegando acumulo de funções.
Porém sei muito bem que algumas empresas acabam não dando atenção a isto num primeiro momento (talvez até mesmo por não estar estruturada o suficiente para contratar mais funcionários).
Particularmente, conversaria com o responsável e após um levantamento destas funções, escolheria a que seria mais benéfica para o funcionário, principalmente na questão maior salário da categoria. Acredito que isso poderia, talvez, minimizar a situação caso aconteça alguma processo trabalhista futuramente.