Construção Civil - Obra Empresa

Olá Colegas...

Tenho uma empresa(filial), que está construindo a sede..qual processo devo fazer?
Cadastro os funcionarios em matricula CEI, ou direto no CNPJ já que é uma filial e a construção é da propria empresa...( porém é do ramo de bebidas.. )

Caso alguem possa me ajudar.. ficaria muito grata..

Boa noite, Lais, melhor você checar com o engenheiro responsável pela obra, isso porque no final da obra a empresa precisará de algumas certidões, principalmente do inss, onde essa obra já tem o cei.