Rescisão Empregado

Olá...
Estou enfrentando problemas no cálculo da rescisão de um funcionário...
Ele ingressou dia 03/11/2012 e saiu dia 03/04/2013 (6 meses)...
Neste dia 03/04 pela manhã uma reclamação oral foi feita a ele por conta dos recheios de salgados que não estavam saindo da maneira correta (a empresa trabalha com salgados), algo rotineiro pra qualquer falha...
O problema é que ele não gostou e foi embora sem ao menos me avisar no momento (algo que fez horas depois, apenas me comunicando que não viria mais)...
Gostaria de saber como devo pagar a rescisão deste funcionário, já que o desconto do aviso prévio (que neste caso, acredito que seja indenizado) supera o valor devido na rescisão...

Alguns problemas por fora:
O funcionário em questão está indo na Justiça do Trabalho requerer seus direitos e ainda levantou uma questão de horas extras...
Durante esses 6 meses nunca fui questionado sobre horas extras, já que, por muitas vezes a demanda era baixa e esse funcionário saía do emprego às 15:00, 16:00 ou 17:00 quando na verdade deveria sair 18:00...

Outro problema é a carteira de trabalho, foi solicitado do funcionário 3 vezes que trouxesse o documento, mas ele recusou, alegando que não queria prendersse ao emprego...

Amigo, o funcionario, ficou esse tempo todo sem carteira, como ele nao trouxe a carteira varias vezes, vc deveria dispensa-lo, sugiro que se faça um acordo dentro dos direitos trabalhistas, pos se ele entrar na justiça pedindo uma rescisao imdireta, vc estará complicado.