Eliane, bom dia!
Levando em conta que a empresa não tem recolhido o FGTS, acredito que queira realizar o deposito somente das funcionárias demitidas. Neste caso faça o seguinte:
1 - Gere a Gfip novamente com todos os funcionários, espelho da Gfip da época, só que dessa vez irá informar que o FGTS está em atraso e entre com uma data para o devido recolhimento;
2 - Não me recordo bem, mas acredito que o sistema irá atualizar a tabela de juros automaticamente;
3 - Passe todos os demais funcionários para a modalidade 9 - Confirmação Informações Anteriores, deixando apenas as duas funcionarias na modalidade Recolhimento ao FGTS;
4 - O restante das informações segue normalmente, e a GRF no final será no valor devido as duas funcionárias acrescido de juros e multa.
Vale lembrar que quando for recolher dos demais empregados, nova Gfip terá que ser processada e nunca pode excluir funcionários dela, você deverá informá-las na modalidade 9, invertendo os outros para a modalidade Recolhimento ao FGTS.
Também deve orientar o empregador a respeito do risco da multa do não recolhimento do FGTS.
Acredito que tenha ajudado, se gostou, clique em sim.
Att.
Vinícius Luna
"Porque Deus amou o mundo de tal maneira que deu o seu Filho unigênito, para que todo aquele que nele crê não pereça, mas tenha a vida eterna." Joao 3:16