Rosana, énecessário que a funcionária concorde com essa licença, caso contrário ela pode sim tentar levar a questão a justiça.
Não se trata apenas de descontar as faltas e atrasos,se elas não são justificadas é mais do que devida a aplicação das medidas disciplinares, o que protegerá o emrpegador em caso de vir a dispensá-la por justa causa.
É possível que seja essa a intenção dela, cavar uma dispensa sem justa causa, pois muitos ignoram que a estabilidade não os protege quando eles descumprem a parte deles no contrato.
Por não render o serviço dela ela pode ser enquadrada, sim, no 482 da CLT, como dessídia. Acho que vale a pena uma conversa franca com ela, e, claro, estar documentado quanto a validade dos atestados (se verdadeiros, se devidos) para demonstrar a ela,cabalmente,que existe forte possibilidade de ser dispensada motivadamente.Se algum atestado não for válido, é dispensa sumária, e ainda podendo responder civilmente por falsificação.