Sabemos que o desconto de 6% referente ao vale-transporte deve incidir somente sobre o salário básico, nos termos da Lei 7.418/85 e do Dec. 95.247/87. O que exclui qualquer outra verba ou vantagens.
Quando o trabalhador se submete ao regime de remuneração variável (comissionista puro, horista, diarista, pecista, etc), sua remuneração é composta do salário unitário pacutado (comissão, salário-dia, salário-hora, peça, respectivamente ao acima mencionado) mais o DSR do mês trabalhado. Com isso, fecha-se o salário básico deste trabalhador. É sobre este cômputo que irá incidir o percentual de subvenção da parte do empregado no custeio de seu Vale Transporte.
Não é mais permitido o pagamento do benefício vale transporte em dinheiro, exceto se houver previsão em CCT do Sindicato da categoria, sob o risco de configurar em salário "in natura", integrando-o, assim, à sua remuneração para todos os fins, como horas-extras, férias, 13º, aviso prévio, e salário contribuição (FGTS e INSS) .
Espero ter colaborado.