Carla,
A folha e os contra cheques são a parte mesmo, vc fez correto, Confira as paginas da RE, pois lá vem o resumo do FGTS. Assim como vc recolheu o FGTS da 2º parcela com a Competencia 12 vc deve recolher o FGTS da 1º parcela com a Competencia 11.
Ainda sim acredito que vc recolheu e não percebeu, mas se não a solução é a seguinte:
Vc irá informar no sefip a competencia 11/2007 na modalidade em branco, observando que a importação deverá ser apenas da Remuneração sobre 13º e gerar a guia normalmente, depois vc deverá informar no sefip a competencia 11/2007 na modalidade 9, observando que a importação deverá ser da remuneração do mes (Folha + 13º) e informar normalmente, não gerara guia de FGTS devido a modalidade 9. O vencimento era 07/12/2007, então veja a data que melhor lhe convém para pagar, pois já está gerando multa.
Não esqueça de atualizar o aplicativo.