Boa tarde,
Realmente, é como o Flávio disse. O FGTS não tem como ser compensado, transferido nem "retificado". O valor do FGTS que não foi pago, deve ser feito o pagamento, e o que foi pago em duplicidade, fazer a solicitação da restituição.
Entre nesse link:
www1.caixa.gov.br
Baixe o arquivo "RDF_DEVOLUÇÃOFGTS.EXE" e preencha com as informações devidas (deve ser informado funcionário por funcionário, com seu devido número de PIS e o valor a ser restituido). Caso não caixa tudo em um formulário, deverá utilizar outro, utilizando as mesmas informações, porém dando sequencia nos funcionários.
Marque a opção "Recolhimento em duplicidade".
Anexar também um espelho da conta bancária informada no formulário a ser restituída, comprovando sua existência, uma cópia do contrato social, cópia da identidade do sócio.
Abraço