Gfip x Isenção INSS Patronal

Olá, estou tentando entregar uma GFIP de uma entidade isenta de INSS parte Patronal onde tenho serviços de autonomos incluidos. Na hora que peço para fazer o processamento da GFIP ela isenta os demais funcionários mas o autonomo ele calcula a parte patronal e não consigo alterar e também não calcula o desconto efetuado em folha do autonomo. Nos demais funcionários a isenção é feita normalmente. Alguém já teve esse problema? A Caixa não sabe como resolver.

Oi sueli, só para tentar entender.. essa empresa é tributada pelo Simples Nacional ?

Olá Marly, a empresa é uma entidade assistencial que tem isenção da parte patronal e terceiros do INSS.