Bom dia Daiane,
Você se refere ao Vale Transporte ou ao vale (adiantamento) do funcionário?
Se for o Vale Transporte, poderá descontar os 11 dias de vale na próxima vez que for pagar o V.T. - pois geralmente nesses casos o V.T. é pago antes de ser usado, portanto se ele não usou 11 dias de vale, terá um saldo dos onze dias na conta dele.
No próximo mês basta descontar.
Agora se for adiantamento salarial você deverá verificar na convenção coletiva (sindicato da categoria) se há obrigatoriedade de adiantamento salarial aos empregados (normalmente não há essa exigência) porém é bom verificar.
Se acaso não tiver essa exigência poderá retirar o adiantamento a qualquer momento e em qualquer situação.
A obrigatoriedade da empresa é de pagar o salário até o quinto dia útil do mês seguinte ao trabalhado.