Readmissão: Filial

Olá a todos, preciso de uma ajuda! Hoje tenho várias Obras em diversos Estados, porém todos são admitidos no CEI de cada Obra e todos são vinculados ao CNPJ da Matriz. Estamos querendo mudar essa metodologia e fazer da seguinte maneira:
Novas Obras, terá seu CNPJ (filial), o contrato da Obra será com o CNPJ da filial e a admissão dos funcionários será também nesse CNPJ da filial, a cada final de Obra, faremos todas as obrigações de "baixa" deste CNPJ e consequentemente a demissão de todos os funcionários (todos eles vão sacar FGTS, receber a rescisão e dar entrada no seguro desemprego).

Feito isso, antes do prazo de 90 dias (384/1992) e 06 meses (452 CLT) pode haver novas Obras (CNPJ novo), ocorrendo isso, eu posso fazer a readmissão desses funcionários com o CNPJ diferente? Lembrando que estou falando do mesmo grupo econômico.

É claro que pode registrar os mesmos funcionários com outro CNPJ.

Não a problema, só seria um problema se o emprego tivesse sido mandando em bora,
e você tivesse recontratado ele. ( Carência de 3 meses).