Guilherme,
A empresa não precisa dar entrada no Previdência Social no caso de licença maternidade. Tudo ocorre por meio da informação da SEFIP, você vai informar o afastamento da empregada e também vai informar o valor pago a ela mensalmente (como se ela tivesse trabalhando) e automaticamente esse valor sera descontado da sua guia de INSS. É bom você guardar no prontuario dela o atestado médico, documento de nascimento do filho(a), recibos dos pagamentos mensais, dentre outros documentos, para que você possa comprovar o afastamento e pagamento do salario maternidade.
Espero ter te ajudado
Abçs