Boa tarde Gustavo,
Seu caso é um pouco complexo, realmente para exercer a função de gerente é necessário uma formação de nível superior, se tratando da RAIS, nunca me deparei com tal problema/erro.
Realmente foi ERRO? se for AVISO não impede a entrega da RAIS, porém deve se atentar para tal aviso, estranho acusar esse erro, sabemos que existem várias pessoas ocupando cargos que exigem formação acadêmica, porém não é a realidade de muitas empresas, e não cabe a RAIS em analisar essas situações, pois a finalidade da mesma é outra.
Fiz um teste na minha RAIS alterando a escolaridade de um diretor geral para fundamental incompleto e não deu nenhum erro e nem aviso, apenas acusa se deixar sem preencher a escolaridade.
Analise a pessoa no campo dados pessoais e verifique se realmente esta preenchido o grau de instrução, verifique também no campo informações da admissão a informação do CBO de acordo com o cargo exercido.
Boa sorte.