Boa tarde, Denise!
Nunca tive um caso semelhante, mas vamos ver se consigo ajudar, pois o Homolognet não tem o campo p/ férias coletivas:
= você lançou o afastamento na aba de Movimentação?
= na aba das férias deve aparecer o período vencido e se você informar que não foi pago, pela lógica deve aparecer como provento na rescisão.
= se o sistema gerar o valor das férias a maior, talvez se você lançar algumas faltas, o valor fique certo ou se aproxime do certo; e neste caso pode criar uma rubrica externa c/ o mesmo nome e lançar a diferença.
De qualquer forma, sugiro que antes de enviar a rescisão p/ o MTE, imprima o rascunho da rescisão + a rescisão da sua folha e consulte um fiscal, pessoalmente no MTE da sua cidade.