Boa tarde José, nestes casos, se a divergência fosse o valor total da guia o que poderia ter acontecido era o recolhimento não ter sido reconhecido, mas como é outro valor e você ja conferiu o Sefip, o que costuma ocorrer é um possível envio com a mesma competência, mesmo que por engano as vezes ocorre e assim fica divergência entre o valor declarado no Sefip e a guia recolhida, Ex:
Valor da GPS informado no Sefip: R$ 600,00
Valor recolhido no sefip anterior: R$ 500,00
assim geraria uma divergência de R$ 100,00
estas são as causas possíveis que ja presenciei para uma divergência com valor diferente da guia, assim nestes casos para a regularização teria que ser gerada no site da previdência uma GPS com valor de R$ 100,00 com a mesma competência e código da guia paga.