Lauro,
a empresa não ganharia um tempo maior nesse caso, são sempre 48 horas para efetuar as anotações e devolver em seguida.
Nesse caso, ainda sim, a falha foi da empresa ao deixar o tempo correr.
O funcionário tem a obrigação de apresentar a CTPS sempre que necessário (admissão, férias, alterações, demissão...), mas se a empresa solicita e o funcionário não entrega a CTPS, este deve ser advertido e a empresa deve se resguardar com provas, pedindo que o funcionário assine um termo no qual fica claro que a CTPS foi solicita, se ele não assinar poderia ter 2 testemunhas.
A empresa não pode de forma alguma deixar a carteira sem as devidas anotações/assinaturas pelo fato do empregado não apresentar a CTPS, é um direito da empresa cancelar uma admissão ou dispensar o funcionário, se este não apresenta a carteira.
A empresa não é obrigada a correr riscos por falha do funcionário, então se não apresenta a CTPS esse funcionário poderia ser dispensado.