Carolina,
Nesse caso, segundo o entendimento do Ministério do Trabalho e Emprego (MTE) consubstanciado na Nota Técnica nº 184/2012, o empregado terá direito a 60 dias de aviso prévio e terá que trabalhar por todo esse período com a redução da jornada diária em 02 horas ou 07 dias corridos sem prejuízo do salário integral, nos termos do artigo 488 da CLT, que não sofreu qualquer alteração com a edição da nova lei.
Pra ele sair definitivamente em 09/09 ele teria que ter recebido a comunicação de afastamento em 09/07. Neste caso a data de saída será exatamente 09/09.
O código de afastamento será o SJ2.
A data de pagamento de verbas rescisórias com aviso trabalhado será do ultimo dia de trabalho, ou seja, 09/09.
A folha de setembro fecha normalmente.
Espero ter ajudado