Funcionario voltou do auxilio e só apareceu 60 dias, descont

Boa Tarde,
Um funcionario estava de auxilio desde 06/01/2014
O auxilio foi cessado dia 23/09/2014
mas ele só apareceu na empresa para pedir demissao dia 03/12/2014
A questao é que preciso homologar essa rescisao e nao sei como agir em relação ao FGTS.
Visando que ele nao trouxe nenhum outro atestado e já nao estava mais em beneficio.
foi gerado o contracheque dele de 30 dias em novembro, e descontado 30 dias de falta.
o que deixou o contracheque zerado.
Como devo proceder? Recolho mesmo assim o FGTS e INSS sobre o salario base dele ou posso ficar sem gerar a guia?
tenho que colocar alguma informação no sefip?
Obrigada,

Boa tarde, convém levar copias de : Auxilio concedido pelo INSS, alta do INSS e cartões de ponto do periodo das faltas.

Certo. mas preciso recolher o FGTS?
mesmo que ele nao tenha trabalhado o mes todo?

Se não existe base de calculo (faltas em todo o mes)para FGTS, não há recolhimento