Inss parte Segurados

Estou com uma empresa que decidiu recolher o INSS somente da parte dos funcionários, me informaram que devo proceder da seguinte maneira:
Verificar o valor dos segurados na folha de pagamento, entrar no site da previdência e lançar os valores para gerar a guia.
Minha dúvida é a seguinte, vou gerar o SEFIP para recolher o FGTS, que no caso vai gerar a guia deGPS com o valor total do INSS, existe algum problema em constar 2 guias para a mesma?

Não entendi muito bem sua dúvida, mas se fizer isso vai dar pendencia, joga o valor do INSS Empregador como compensação.

Espero ter ajudado.