Pedido de auxilo doença entregue com atraso

Temos um funcionário que foi afastado 15 dias pela empresa. Sendo que a partir de 27 de novembro de 2014, com atestado pelo médico de + 60 dias, foi feito o requerimento do auxilio doença, marcando a pericia e por falta de alguns documentos tais como RX, etc, essa pericia foi marcado agora para o dia 09/01/2015, neste período o funcionário como não trouxe o pedido deferido , nos tivemos que dar falta. Minha dúvida como faço para agora informa-lo pelo sefip, já que no dia 09 foi deferido o pedido de 27/11/2014 até 25/01/2015.

Leonardo, boa tarde.
A empresa terá que retificar a(s) Sefip(s).
Se essa empresa possui somente esse empregado e só retificar, haja visto que não houve recolhimento previdenciário, no caso do FGTS precisa verificar se a Carta de Concessão expedida pelo INSS e auxilio doença, ou auxilio doença acidentário, se acidentário terá que recolher o FGTS.
Agora se a empresa possui mais empregados terá que recolher a diferença do INSS/FGTS.(com encargos)
ok