Fernando, boa tarde.
Quando ocorre isso, procedo da seguinte forma;
a) Solicito ao empregado que me devolva o recibo de férias;
b) Que o empregado devolva/ou deposite na conta da empresa o dinheiro creditado em sua conta;
c) Acerto no cadastro do empregado no sistema da folha;
d) Refaço o recibo de pagamento, onde irá constar diferença ou não e fazer o credito na conta do empregado caso haja diferença a favor do mesmo
e) Tal diferença lanço na folha do mês seguinte (janeiro), se positivo lanço no crédito e também no desconto, se negativo lanço somente no desconto; (explicando antes ao empregado).
f) Depois verifico os recolhimentos (inss, fgts, i.renda), sefip.