Bom dia Antonio,
Sim, o CEI em nome da própria empresa. Os dados da proprietária da obra é o da empresa e os dados da obra, com o endereço da obra.
Quanto à folha de pagamento, entendo que sim, você vai fazer duas folhas distintas, duas GFIP's distintas (códs. 150 e 155), GPS distintas (cód. 2003 ou 2100 e 2208), cada uma com seu identificador.
O Manual da GFIP, Capítulo 4, Item 4.2 trata especificamente do seu caso, mas deixa muitas dúvidas. Já o item 4.5, Nota 9 esclarece melhor.
"9. A empresa que possuir FPAS 507 e que edificar obra própria, tendo informações relativas à Opção pelo Simples, ao Código de Outras Entidades ou à Alíquota RAT distintas das informações da obra, deverá elabora GFIP/SEFIP com código 150, para informar os dados e trabalhadores não referentes à obra, e GFIP com código 155, para informar os dados e trabalhadores referentes à obra."
Se a empresa for optante do Simples Nacional, cabe a Nota 8 do mesmo item:
8. A obra de construção civil destinada a uso próprio, executada por empresa optante pelo SIMPLES, bem como a obra executada por associação desportiva que mantém clube de futebol profissional, por agroindústria e por produtor rural é considerada estabelecimento NÃO abrangido pela substituição tributária, conforme estabelecido na Instrução Normativa que dispõe sobre as normas gerais de tributação previdenciária e de arrecadação.
A obra executada nestas situações deve ser informada conforme as instruções estabelecidas no subitem 4.2. O campo Simples deve conter a informação “não optante”.
As informações relativas ao pessoal administrativo das empresas optantes pelo SIMPLES devem ser prestadas em outra GFIP/SEFIP (outro arquivo), com a informação de “optante” no campo Simples, e código 150, obrigatoriamente.
Ou seja, se a empresa não for optante do Simples Nacional, com atividade industrial, mesmo FPAS e RAT, caberia uma única folha e GFIP, com Cód. Recolhimento 155, sendo um Centro de Custo o CNPJ da empresa e outro para a CEI (Relativo à Obra), mas com 2 GPS distintas.
Caso contrário, com opção do Simples, FPAS ou RAT diferentes, 2 GFIPs.
Só não sei te dizer como fica o acesso à Conectividade Social, se com o certificado digital só com CNPJ você consegue acessar.