Na verdade pode, escritórios de contabilidade fazem isso quando tem a procuração então para poupar tempo enviam tudo de uma vez só, empresas de um determinado grupo (desde que pertençam ao mesmo grupo economico) também fazem isso, no caso de filiais, pode-se fazer isso também pois mantem sempre a base do CNPJ não tendo a necessidade de um certificado digital para cada empresa (Matriz e Filial).
POREM porem, eu aqui na empresa envio separado, cada uma com o seu certificado, na empresa que eu trabalhava enviava tudo junto, matriz e filial e nunca deu problema, na contabilidade também, mais eu prefiro individualizar para realmente não dormir com nenhum pensamento me incomodando