Michelle,
Qualquer empregado que permaneça afastado do serviço percebendo da Previdência Social prestações de acidente de trabalho ou de auxilio doença, por mais de seis meses contínuos ou descontínuos durante o ano, perde o direito às férias anuais referente ao respectivo ano.
Inteligência do artigo 133 da CLT:
Art. 133 - Não terá direito a férias o empregado que, no curso do período aquisitivo:
I - deixar o emprego e não for readmitido dentro de 60 (sessenta) dias subseqüentes à sua saída;
II - permanecer em gozo de licença, com percepção de salários, por mais de 30 (trinta) dias;
III - deixar de trabalhar, com percepção do salário, por mais de 30 (trinta) dias, em virtude de paralisação parcial ou total dos serviços da empresa;
IV - tiver percebido da Previdência Social prestações de acidente de trabalho ou de auxílio-doença por mais de 6 (seis) meses, embora descontínuos.
§ 1º - A interrupção da prestação de serviços deverá ser anotada na Carteira de Trabalho e Previdência Social.
§ 2º - Iniciar-se-á o decurso de novo período aquisitivo quando o empregado, após o implemento de qualquer das condições previstas neste Art., retornar ao serviço.
§ 3º - Para os fins previstos no inciso III deste Art. a empresa comunicará ao órgão local do Ministério do Trabalho, com antecedência mínima de 15 (quinze) dias, as datas de início e fim da paralisação total ou parcial dos serviços da empresa, e, em igual prazo, comunicará, nos mesmos termos, ao sindicato representativo da categoria profissional, bem como afixará aviso nos respectivos locais de trabalho. (Acrescentado pela Lei n.º 9.016 , de 30-3-95, DOU 31-03-95)
No seu caso, você so vai pagar somente as ferias que estava vencidas ja, a que ja estava pra se vencer outra, você não vai pagar pois não completou o periodo aquisitivo todo, o funcionario ficou afastado.