Wanderson , vamos ver se eu entendi... A GFIP 02/2015 que foi informada com FGTS e INSS é de um CNPJ. E o CEI em questão esta vinculado a esse CNPJ, é isso?
Se for esse o caso, monte manualmente o arquivo GFIP 02/2015 do CEI (somente os dados do CEI, não mande os dados do CNPJ) diretamente dentro do programa SEFIP, com ausência de fato gerador. E NÃO faça o pedido de exclusão. Assim vai ficar tudo certo na Receita e não vai sobrepor a GFIP que foi enviada com os dados da empresa (CNPJ) de FGTS e INSS.
Se você não tiver pressa, aguarde que dentro de 3 a 15 dias a receita vai processar esse arquivo. Se estiver com pressa você deverá imprimir a GFIP completa Ausência (Rubrica, RE em Branco, Protocolo e a Declaração de Ausência) e levar na Receita.
Se não ficou claro e ainda estiver com dúvida, pode continuar perguntando.