Franklim Jefferson,
Entendo que você deve analisar a situação dele, é muito relativo.
Comigo aconteceu uma situação oposta a sua: o cliente (um médico) fazia retirada pro labore no valor de 01 salário mínimo apenas em sua firma. Em seu IRPF foi declarado uma renda muito acima desse pro labore, pois ele prestava serviço para outras empresas, como a Unimed. A Receita confrontou os dados do imposto de renda com a GFIP e acabou por notificá-lo, para que ele pudesse regularizar a questão, pois ele recolhia sobre um valor muito inferior a sua renda...
Verifique a situação do seu cliente, se ele possui condições de pagar essa diferença, creio que não haverá problemas; caso contrário, seria arriscado, bem contraditório, o fisco poderia notifícá-lo para esclarecer essa "renda extra".
Espero ter ajudado.