Olá,
Você poderá solicitar via conectividade empresa/solicitar extrato para fins rescisórios.
Considerando que fará via homologação sindical, o correto seria, recolher os meses devidos acrescidos de juros (uma guia para cada competência). Após isso, indicar movimentação e recolher os 40% sobre o valor atualizado. Quando apresentar a chave da conectividade terá o valor completo e dentro do prazo.
Por motivos de força maior, tivemos uma grande volume de dispensas, em negociação com o sindicato, consegui que acatassem o recolhimento dos 40% sobre o valor devido (como se estivesse completo). O funcionário sacava o saldo e a multa, ficando pendente o saldo dos meses em aberto, todavia, deve-se ter muito cuidado, pois o fato de você depositar, valores "picados" gera duvidas e questionamentos, correndo o risco de RT.
O ideal é corrigir o atraso e depois, recolher a multa.
Att.
Angel