Base legal: Nessa situação, deverá efetuar o procedimento da IN 925 (http://www.receita.fazenda.gov.br/Legislacao/Ins/2009/in9252009.htm)
Art. 6º As pessoas jurídicas ou os contribuintes equiparados que efetuarem rescisão de contrato de trabalho de seus empregados e pagarem aviso prévio indenizado, deverão preencher o SEFIP da seguinte forma:
I - o valor do aviso prévio indenizado não deverá ser informado; e
II - o valor do décimo-terceiro salário correspondente ao aviso prévio indenizado deverá ser informado no campo "Base de Cálculo 13º salário da Previdência Social", exceto no caso de empregado que tenha trabalhado por um período inferior a 15 (quinze) dias durante o ano, cuja informação não poderá ser prestada até que o SEFIP seja adaptado.
Parágrafo único. Nas hipóteses previstas neste artigo, a GPS gerada pelo SEFIP deverá ser desprezada, devendo ser preenchida GPS manualmente com os valores efetivamente devidos, incluindo as contribuições incidentes sobre o aviso prévio indenizado e sobre o décimo-terceiro salário correspondente ao aviso prévio indenizado, observado o disposto no art. 7º.
O parágrafo único cita: Nas hipóteses previstas neste artigo, a GPS gerada pelo SEFIP deverá ser desprezada devendo ser preenchida GPS manualmente com os valores efetivamente devidos.
Confesso que não concordo, mas é lei né....
Espero ter ajudado.