Boa tarde,
já fiz isso sim, mas da a maior dor de cabeça. Tive que fazer uma planilha pra controlar o de quem e referente a qual mês eu já havia recolhido. O ideal mesmo é tentar convencer o empregador que é melhor recolher o de todos. Caso não tenha outro jeito, recolha parcialmente mas cuidado na hora de enviar as informações ou pode se complicar no seu controle. Quando calcular dos outros funcionários, tem que colocá-los na modalidade certa.
Todos os funcionários que não terão seu FGTS recolhido: modalidade 1 (declaração para o FGTS e Previdência Social);
funcionários que já tiveram o FGTS recolhido: modalidade 9 (confirmação de informações anteriores);
para aquele que será recolhido o FGTS: modalidade branco.