Greicy,
Você deve acessar o sistema da GRRF:
- na aba "movimento", selecionando o"responsável pelas informações", clicar em "Nova abertura";
- informar a data prevista para recolhimento da diferença;
- na aba "Cadastro", selecione o empregado cujas informações se encontram memorizadas, clique em "Alterar";
- na aba "Dados Financeiros", no campo desejado (a título do que foi determinado na ressalva) informe a nova base de cálculo que resultará no valor de FGTS a ser recolhido;
- não esqueça de "zerar" o Saldo para fins Rescisórios pois o sistema poderá calcular a multa sobre ele novamente. E neste caso não é devido.
Efetue a "simulação" do fechamento para saber se o valor gerado corresponde ao valor determinado na ressalva, acrescido apenas dos juros e atualização monetária devido ao seu recolhimento fora do prazo original (30/06).
Espero ter ajudado.