Bom dia Breno,
Se a empresa possui empregado, provavelmente, um deles gerencia a atividade e não tem problema o empresário não exercer a gerência por um tempo. Até mesmo porque o empresário "individual" encontra-se INAPTO para o trabalho. Pelo menos é o que se figura da situação relatada.
Sendo assim, você pode suspender a retirada Pro-Labore deste empresário durante o período que durar sua condição junto ao INSS. E indico proceder, o quanto antes, à transformação da empresa em LIMITADA (mais de um sócio) e em seguida efetuar nova alteração contratual retirando este "sócio aposentado".
Espero ter ajudado.