Patrícia Egêa, Boa Noite!
Caso delicado esse seu pois a empresa fez todo o procedimento errado fez o pagamento para a família do funcionário sem ter feito o registro mesmo sendo retroativo e deixou bastante vulnerável para uma ação trabalhista, primeiramente, cumpre informar que o registro de empregado deve ser feito antes do início da prestação de serviços, ou seja, o empregado não pode iniciar as suas atividades sem que esteja devidamente registrado. Assim, de posse da documentação necessária, a empresa deverá obedecer às formalidades legais relativas ao registro. Assim, o registro deve ser feito imediatamente, sujeitando-se a empresa, na hipótese de empregado sem registro, a multa conforme previsto no art. 47 da Consolidação das Leis do Trabalho - CLT.
Sobre a multa até onde eu sei e uma multa administrativa no valor de 160 UFIR devido ao mte, aconselho voce procurar o advogado da empresa pra ver essa questão com calma e resolver da melhor forma possivel.