Boa tarde,
Ai temos que ver o que houve realmente se foi a mudança de porte ou o tipo societário.
Se foi mudança de porte não precisa ser feito nada, porem em alteração de tipo societário segue-se o que o colega Luis Alves mencionou.
Geralmente é a contabilidade que faz essas alterações, tanto de porte, quanto societário.
Agora dizer que a empresa mudou de LTDA para ME, não especifica muita coisa. Um exemplo é que a empresa pode ser LTDA e ao mesmo tempo ME ou EPP, e quando não se encaixa em nenhuma desses dois portes (que são medidos pelo faturamento) ela fica com o nome apenas LTDA.
Agora ela pode ser um sociedade LTDA, de responsabilidade limitada, e ser alterada para EIRELI, empresario individual de responsabilidade limitada, ou somente para EMPRESARIO INDIVIDUAL.
Deve-se ver o que houve realmente na empresa.