Monica, boa tarde.
Com relação a farmácia/supermercado o que você pode fazer e avisar a empregada que estará suspendendo o beneficio e também a farmacia/supermercado, caso ela precisa comprar medicamento com relação a sua doença então deverá entrar em contato com a empresa para que a mesma possa analisar e autorizar a farmacia a vender. (esse e um procedimento que utilizo na empresa).
Com relação ao emprestimo consignado, você antes precisa verificar com o banco o procedimento nesse caso, eu, na empresa temos um acordo com o banco que avisamos todos os meses quais os empregados que estão afastado e demitidos, assim o banco, no caso do afastado, não envia o nome do mesmo no arquivo, cobrando diretamente ou aguardando o retorno do empregado.
obs.: verifique sempre a convenção coletiva de trabalho
Caso já tenha saldo a descontar e a mesma não tenha crédito, então o que você pode fazer e deletando esse valor da folha, gerando um arquivo, e depois descontar do empregado quando retornar ao trabalho, mas deverá comunicar ao mesmo e combinar em quantas parcelas ou não o desconto.