Qual certidão está tentando emitir?
Se for a CRF (Certidão de Regularidade do FGTS) , deverá se dirigir à Caixa Econômica para verificar quais são os impedimentos e regularizar a situação.
Se for a Certidão Negativa de Débitos Conjunta Federal (que abrange diversos tributos federais, incluindo o INSS) , o caminho mais simples é pesquisar as pendencias por intermédio do e-CAC, com o certificado digital da empresa ou por procuração eletrônica devidamente outorgada.
Nesse caso pode acontecer até de a pendencia não ser previdenciária (INSS), pode ser que algum outro tributo federal esteja em aberto ou alguma obrigação não cumprida esteja barrando a certidão.
Opcionalmente a empresa também poderá fazer essa verificação diretamente na unidade da Receita Federal de sua jurisdição.