Thaisa, bom dia.
Se a mesma estiver de férias, licença maternidade, auxilio doença e outros não terá direito ao v.t e v.ref (salvo convenção coletiva de trabalho).
E quando faltar ao trabalho, se não devolver, poderá a empresa compensar na próxima entrega (mês).
Com relação ao desconto, se a mesma não devolver os dias que está de licença, a empresa poderá descontar o valor total, não tendo direito ao beneficio do desconto (porcentagem).
Exemplo;
Janeiro/2016 = 19 dias uteis (deduzindo o dia 25 feriado em são paulo)
Se afastou em 07 de Janeiro, ou seja, trabalhou 03 dias.
Então com relação a esses três dias a empresa aplicará a proporcionalidade(beneficio do vale transporte e vale refeição).
Agora se a empregada não devolver os dias restante, ou seja, 16 dias, a empresa poderá descontar em seu valor integral.