Ja passei por isso, mas não foi avisado de imediato e sim quase no fim da licença de 120 dias. Tive um trabalhão refazendo todas as folhas de pagamento. A partir de 24/12/2015 ela estará de licença maternidade, onde as férias serão interrompidas. No caso no mês de 12/2015 vai constar para pagamento: 17 dias de salário + 06 dias de férias + 07 dias de salário maternidade.
A licença vai até 21/04/2016, então a partir de 22/04/2016 ela retornará de férias com o saldo que restou 24 dias, você so terá que manipular no sistema de folha, para não recolher os encargos novamente (Isso se o cliente já houver pago as guias que venceram em 01/2016 Ref a folha 12/2015, no caso so o FGTS, já que o INSS so vai vencer na quarta).
No seu caso so terá que refazer uma folha, Boa Sorte.