Boa Tarde,
estou com uma empresa nesta mesma situação, neste caso me encaminhei até a Receita e o valor pendente de outras entidades na hora do pagamento foi paga como juros/multas, neste caso tive que realizar um ajuste de guia. Em relação a GFIP que estão divergentes da outra contabilidade, entre em contato com a contabilidade antiga e peça para eles fornecerem o Backup da Sefip desta época, e obrigação deles salvar.
Agora se a empresa é optante do Simples e esta aparecendo a pendência de outras entidades provavelmente a GFIP foi declarada no cód 2100 e não no 2300 que é o do Simples, e deverá realizar a retificação da GFIP com o cód correto!