Boa tarde, Alexandre!
O principal risco com empresas terceiras é que a empresa contratante também é co-responsável pela mão-de-obra, assim caso o funcionário da terceira processe a empresa a empresa que contratou o serviço também sera acionada. Não existe exatamente uma lista, ja que isso varia de atividade para atividade, os documento que devem ser solicitados são para justamente verificar se estar tudo certo entre a empresa terceira e seus funcionários. Assim ao contratar você por exemplo pediria os documentos de admissão, da segurança do trabalho(PPRA E PCMSO), etc. alem de alguns certificados negativos, como da CAIXA do FGTS, etc. No decorrer das atividades sempre pedir a folha de pagamento, sefip, e comprovante de pagamentos das guias. Assim sua empresa fica resguardada a futuros processos. Existe uma matéria bem interessante aqui em relação a isso: Risco da terceirização
Sobre a duvida de reter o pagamento ou não, a empresa contratante deve ser precavida com isso. Assim colocar em clausula no contrato que o não comprimento com as obrigações trabalhista implica em suspensão temporário do pagamento ate devida regularização.