Rafaela uma boa tarde!
VT, VL, não tem incidência, e deve ser antecipados ao trabalhador e nunca pago em contracheque, se fizer assim torna-se salário in-natura
CLT
Art. 458
§ 2o Para os efeitos previstos neste artigo, não serão consideradas como salário as seguintes utilidades concedidas pelo empregador: (Redação dada pela Lei nº 10.243, de 19.6.2001)
I – vestuários, equipamentos e outros acessórios fornecidos aos empregados e utilizados no local de trabalho, para a prestação do serviço; (Incluído pela Lei nº 10.243, de 19.6.2001)
II – educação, em estabelecimento de ensino próprio ou de terceiros, compreendendo os valores relativos a matrícula, mensalidade, anuidade, livros e material didático; (Incluído pela Lei nº 10.243, de 19.6.2001)
III – transporte destinado ao deslocamento para o trabalho e retorno, em percurso servido ou não por transporte público; (Incluído pela Lei nº 10.243, de 19.6.2001)
IV – assistência médica, hospitalar e odontológica, prestada diretamente ou mediante seguro-saúde; (Incluído pela Lei nº 10.243, de 19.6.2001)
V – seguros de vida e de acidentes pessoais; (Incluído pela Lei nº 10.243, de 19.6.2001)
VI – previdência privada; (Incluído pela Lei nº 10.243, de 19.6.2001)
O decreto Nº 95.247, de 17 de Novembro de 1987 diz o seguinte:lei 7418/1985
Art. 2° O Vale-Transporte constitui benefício que
o empregador antecipará ao trabalhador para utilização efetiva em despesas de deslocamento residência-trabalho e vice-versa.
lei 7418/1985Art. 4º - A concessão do benefício ora instituído
implica a aquisição pelo empregador dos Vales-Transporte necessários aos deslocamentos do trabalhador no percurso residência-trabalho e vice-versa, no serviço de transporte que melhor se adequar. (Renumerado do art . 5º, pela Lei 7.619, de 30.9.1987) (Vide Medida Provisória nº 2.189-49, de 2001) (Vide Lei complementar nº 150, de 2015)
Espero ter ajudado..