A licença-paternidade é direito assegurado constitucionalmente a todo trabalhador urbano, rural, empregado doméstico, servidor público (art. 39, § 3º, da CF) e trabalhador avulso (art. 7º, XXXIV, da CF).
A Constituição Federal de 1988 garante o direito à licença paternidade no artigo 7º XIX, porém, não estabelece o período de gozo. Apenas no artigo 10 dos Atos das Disposições Constitucionais Transitórias fica , estabelecido o prazo de 05 (cinco) dias de licença.
Art. 10. Até que seja promulgada a lei complementar a que se refere o art. 7º, I, da Constituição:
§ 1º - Até que a lei venha a disciplinar o disposto no art. 7º, XIX, da Constituição, o prazo da licença-paternidade a que se refere o inciso é de cinco dias.
entende-se que esta licenca é unicamente para auxiliar a mãe que recém deu a luz e obviamente necessita de um auxilio, não tem muita lógica gozar do beneficio, sendo que provavelmente não será mais 'necessário' (dependendo do tempo que passou), porém entra a tal questão do entendimento, bom senso, onde da para saber quando o funcionário não age de má fé.
no seu caso eu analisaria o funcionário e concederia os dias, ainda mais que foram alguns dias apenas.
Espero ter ajudado.