Boa tarde, Magdiel Oliveira.
Não sei se entendi direito. Segue minha resposta.
A forma correta de gerar à GFIP/SEFIP é informar todos os tomadores que constam e deveriam constar na competência, independente se for pagar todo o valor INSS ou não, pois, informando todos os tomadores a GFIP/SEFIP fica correta e somente terá que recolher à(s) guia(s) de GPS quando puder pagá-la(s).
Sempre que se gera uma GFIP/SEFIP complementar incluindo novos tomadores e/ou empregados que não estavam na GFIP/SEFIP enviada anteriormente, nesta GFIP/SEFIP complementar, todas informações anteriores tem que ser mantidas e reenviadas na modalidade 9 e as novas informações na modalidade 0 se tiver FGTS a recolher e modalidade 1 para novas informações para previdência social. Pelo fato se a GFIP/SEFIP estiver sendo enviada pelo cód. 115 à ultima GFIP/SEFIP enviada sobrepõe a anterior, portanto, se estiver enviando à GFIP/SEFIP sem as informações anteriores, as informações anteriores não existirão mais.
Se o código da GFIP/SEFIP foi enviada pelo 150 ou 155, tome cuidado pois estas informações vão acumulando, neste caso, não sobrepõem.
Espero que tenha ajudado.
Se persistir a dúvida, estou a disposição para esclarecê-las.