Jose Luiz, boa tarde.
Primeiramente precisa verificar se isso é correto, ou seja, a empresa concorda com o INSS? (doença profissional).
Em vários casos a empresa recorre ao INSS comprovando atráves do médico do trabalho da empresa que não procede.
Isso porque na perícia o empregado menciona que contraiu durante o trabalho, mas em alguns casos(também)o médico do trabalho prova que e(ra) uma doença pré-existente, provando através de exames e laudos.
Caso a empresa concorde, então terá que recolher o FGTS em atraso e retificar as SEFIP.
Lembrando que ela terá estabilidade de no mínimo um ano, em alguns caso estabilidade até a aposentadoria.